পবিত্র কোরআন নাজিলের আগ পর্যন্ত এই মসজিদকে "বাইতুল মাকদাস" নামে ডাকা হতো। পরে আল্লাহ তাআলা স্বয়ং এর নামকরণ করেন "মসজিদ আল আকসা", যার অর্থ "দূরের মসজিদ"।

হযরত ইব্রাহিম (আ.) কাবা নির্মাণের ৪০ বছর পর হযরত ইয়াকুব (আ.) জেরুজালেমে এই মসজিদটি নির্মাণ করেন। এটি মুসলমানদের প্রথম কিবলা। পরবর্তীতে হযরত দাউদ (আ.)-এর নির্দেশে হযরত সুলাইমান (আ.) মসজিদটি আবারও পুনঃনির্মাণ করেন।

পবিত্র কোরআন নাজিলের আগ পর্যন্ত এই মসজিদকে "বাইতুল মাকদাস" নামে ডাকা হতো। পরে আল্লাহ তাআলা স্বয়ং এর নামকরণ করেন "মসজিদ আল আকসা", যার অর্থ "দূরের মসজিদ"।

পবিত্রতার দিক থেকে মক্কা ও মদিনার পরই মসজিদ আল আকসার অবস্থান। মহানবী হযরত মুহাম্মদ (সা.)-এর নবুয়তের শুরুতে মুসলমানরা কাবার পরিবর্তে এই মসজিদের দিকে মুখ করে নামাজ আদায় করতেন।

দখলদ্বার ইজরায়েলি বাহিনী পবিত্র এই মসজিদটি নিয়ে ফিলিস্তিনিদের বিভিন্ন সময়ই আক্রমণ করে এসেছে। হাদিসে বর্ণিত আছে, মেরাজের রাতে মহানবী (সা.) মক্কা থেকে এই মসজিদে আসেন এবং পূর্ববর্তী নবী-রাসূলদের সঙ্গে দুই রাকাত নামাজ আদায় করেন এই পবিত্র স্থানে। ২৭ একর ভূমির ওপর অবস্থিত এই মসজিদে একসঙ্গে প্রায় ৫,০০০ মুসল্লি নামাজ আদায় করতে পারেন।

ইতিহাস থেকে জানা মসজিদটির দখল নিয়ে বহুবার দ্বন্দ হয়েছে। ৬৩৮ খ্রিস্টাব্দে ইসলামের দ্বিতীয় খলিফা হযরত ওমর (রা.)-এর শাসনামলে এটি মুসলমানদের নিয়ন্ত্রণে আসে। এরপর ক্রুসেডের সময় ইহুদি ও খ্রিস্টানদের মধ্যে দ্বন্দ্ব শুরু হয়। ১৯৪৮ সালে ইসরাইল রাষ্ট্র প্রতিষ্ঠার পর ফিলিস্তিনের মুসলমানদের ওপর ব্যাপক দমন-পীড়ন শুরু হয়। দখলদার বাহিনী একাধিকবার মসজিদটিতে হামলা চালিয়েছে। প্রাকৃতিক দুর্যোগের কারণেও মসজিদটি বেশ কয়েকবার ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছে। ৭৪৬ ও ১০৩৩ সালের ভয়াবহ ভূমিকম্পে মসজিদটি ব্যাপকভাবে ধ্বংস হয়। পরবর্তীতে ফাতিমি খলিফা আলী আজ-জাহির এটিকে পুনঃনির্মাণ করেন।

বর্তমানে যে মসজিদটি দেখা যায়, সেটিই মূলত খলিফা আলীর সংস্কার করা স্থাপনা। বর্তমানে দললদ্বার ইহুদি ইসরায়েলের দখলে রয়েছে মুসলমানদের পবিত্র এই মসজিদটি। প্রতিটি মুসলমানের বিশ্বাস একদিন দখলমুক্ত হবে এই পূণ্যভ’মি।